ANALISIS KEKERABATAN BAWANG MERAH (ALLIUM CEPA L. AGGREGATUM GROUP) BERDASARKAN MARKA MOLEKULAR RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD)

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa variasi marka molekular RAPD, untuk dapat dijadikan sebagai landasan dalam menganalisis kekerabatan bawang merah introduksi dan lokal. Bawang merah varietas introduksi (Peking, India dan Birma) dan lokal (Samosir, Biru, Tiron dan Crok Kuning). Ekstraksi DNA menggunakan metode CTAB (Cetyltrimethylammonium Bromide). Analisis RAPD dilihat ada atau tidak adanya pita DNA dengan melakukan skoring yaitu bila ada pita diberi skor 1, bila tidak ada pita diberi skor 0 dari setiap individu tanaman pada ukuran tertentu untuk setiap primer, sehingga diketahui jumlah dan presentase lokus polimorfik. Hubungan kekerabatan genetik antar varietas dapat dianalisis dengan perangkat lunak Numerical Taxonomy and Mulivariate Analysis System (NTSYS) 2.02 dengan hasil akhir berupa dendogram. Seleksi primer yang dilakukan memilih tujuh primer yang menghasilkan pita DNA yang polimorfis, yaitu OPA 4, 5, 7, 8, 10, 11, dan 13. Persentase lokus polimorfis masing-masing primer berkisar antara 80 – 100%. Keragaman gen tertinggi ditunjukkan oleh primer OPA 4, dengan nilai 0,412. Sedangkan keragaman gen terendah ditunjukkan oleh primer OPA 11 dengan nilai 0,300. Bawang merah introduksi (India, Birma dan Peking) berkerabat jauh dengan bawang merah lokal (Samosir, Biru dan Tiron). Bawang merah introduksi (Peking) berkerabat dekat dengan bawang merah lokal (Crok Kuning). Kekerabatan paling dekat adalah varietas India dan Birma dengan koefisien kemiripan 0,72.